Mendeleyでアラビア語やその他の文字にet al.の部分が文字化けした:ワードのファイル→オプションで既定言語を英語にする。ワードを閉じて、もう一度ワードを開いて既定言語を日本語に戻す。とet al.が復活!

 

なぜかテープドライブにロックが掛かってしまい、テープオートローダーから取り出せなくなってしまったら、fuser -k /dev/nst0で、/dev/nst0にアクセスしているプロセスを殺す。強引!

 

Ubuntuamcheckamandadがないと文句を言われたら、amanda-clientをインストールする。というか、最初から、amanda-server amanda-clientapt-get installでインストールしておく。ついでにdumpも提案されるので、インストールしておく。

 

UbuntuGUIで余計なキーバインディング(ショートカット)を無効化する。

dconf-editorで、

org-gnome-desktop-wm-keybindingsの順に展開する。

 

pythonに、numpy, scipy, matplotlibを実装:

apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib python-dev

 

PanasonicのノートPC(CF-AX2)のバッテリーが充電できない、キーボードの反応が耐えられない程遅くなったので、頭を抱えていたところ、それに対応するファームウェアのアップグレードを行った(BIOSV1.11L22 電源コントローラー:V1.00L15)。Windows 8 さん、疑ってしまってごめんなさい(まあ、BIOS設定のところでもキーボードが鈍かったので、そこで疑いは晴れたのですが。)

 

 

SQL: in, not in は遅い。其々、exists, not existsに書き換えるべし。さらに、inner join, left join(の後、is nullチェック)の方が速い場合もあり。not existsanti joinに換える手もあり。

 

Mendeleyで編集されたwordファイルをword2013で開こうとして、Operation aborted: max-element-depth constraint violated.とエラーがでて、開けなかった場合の対処法:

ファイル名(xxx.docx)zipファイルに変更して(xxx.dox.zip)、開いてその中にある、word/webSettings.xmlを消去する。で、ファイル名をもとに戻す。で良いらしい。

マイクロソフトのページ

Mendeleyのページ

 

Photoshop(フォトショップ)でパノラマ写真を作るphotomergeという便利な機能があり、顕微鏡像を貼り合わせるのによく利用されているが、ImageJでも同等のことが出来ることが判明。時間がかかり、メモリもちょっと食うようだが、とりあえず問題なし。若干photomergeよりも賢いか?このパッケージ、「Stiching」はFijiでは標準でついてくらしい(未確認)。ImageJ用は、http://fly.mpi-cbg.de/~preibisch/software.html#Stitchingを参照されたし。

 

lsでファイル名のみ(絶対パス名を含まない)表示:ls abc/* | xargs -I{} basename {}

 

Primer3の最新版(2.6.3)をコンパイルするも、primer3web-3.0.0unrecognized tag...とエラーがでる(Unrecognized tag: PRIMER_THERMODYNAMIC_ALIGNMENT=1)。良く調べてみると最新版は4.0.0だった。sourceforgeから最新版を取ってきて、問題解決。

調子に乗って、Primer3Plusもインストールする。cgi-bin(またはそれと同等の)ディレクトリに、primer3_coreprimer3_config(ディレクトリごと)をコピーするのを忘れずに。

 

perl excel (xlsx)ファイルの読み込みの為の仕込み:perl -MCPAN -e 'install "Spreadsheet::Parse Excel"'perl -MCPAN -e 'install "Spreadsheet::WriteExcel"'perl -MCPAN -e 'install "Spreadsheet::XLSX"'

 

apt-get install perl-doc
perl
の詳細man page(eg. perlfunc, perlop)くらい、デフォルトで入れておいて欲しかった。

Ubuntu 12.04LTSでのMakefileを使ったCのコンパイル。なぜか、math library (-lm)にあるround()ceil()にリンク出来ない。手打ちでコンパイルすると(gcc abc.c -o abc -lm)上手く行く。Makefileの実行を良く観察してみると、gcc -lm abc.o -o abcとなってリンカーが実行されている。Fedora 12gcc 4.4.4)の時は全く問題なかったので少し検索してみる。すると、ubuntu 11.04以降はリンク時に--as-neededオプションがデフォルトで有効にされているそうだ。Makefile内のLDFLAGS-lmを指定 したから、こういう事が起きている訳だが、LDLIBS-lmを指定したら、見事に解決された。Ubuntu日本語フォーラムに は、Makefileでのコンパイルルールを明示的に指示したり($(LDFLAGS)が最後になるようにする)、gcc-Wl,--no-as- needed を付加することで、エラーを回避する方法が指定されていたが、LDFLAGSLDLIBSを分けて使用したほうがすっきりするような希ガス。

Ubuntu 12.04LTSでは、.profileで各種環境変数を指定するのか。Fedoraとの微妙な差に戸惑う。.bash_profileがあれば、そちらが読まれるのか。

2-way mixed anovaのメモ:Matlab(マトラボ)ですると、何かと面倒くさい。Statistics toolkitでもサポートされていないっぽい。色々とウェブを検索すると、Rで出来るらしい。 anovakun(anova君)と いうコードが公開されていて、説明書の通りに、すっきり動いた。素晴らしい。その後Rの解説書も読んで、組み込まれているstatライブラリのaov() でも同様のことができると知り、挑戦してみるが、上手く行かない。anova君の作者が偶然にも所内にいたので問い合わせてみると、被験者のラベルが数値 となっていた為で、これがfactor型となっていなければいけないと指摘される。強引に被験者ラベルを文字列にしたら、すんなり上手く行った。また、数 値IDを
data$Subject<-as.factor(data$Subject)
とすると、dataframe上でのタイプ 変換がされる。anova君は、さらに下位検定もしてくれる。anovakun(anova)偉い。作者さん有難う。これを機に、Rも学習します。 Within subjects (repeated measurements, 反復測定), between subjectsmixed anovaは、ANOVA4というウェブサイトでも出来ます。anovakunANOVA4も日本語でしか公開されていないのは残念ですが、日本人でよかった。

ESS2210EX104がブート時に認識されなくなる(SATAカードは認識されるのだが、RAID本体が認識されない)問題が頻繁に起こるように なった。また、いきなりsyslogdから kernel:Disabling IRQ #38と言うメッセージ(または#38)がアナウンスされ、ディスクが極度に遅くなる(hdparm -tT /dev/sdg (又は/sdh<2Mb/s))という問題が生じた。いままでは、リブートを繰り返し騙しだまし使っていたのだが、今回、kernelの起動時オ プションにacpi=noirqをいれて、なんとか沈静化を図る。

LTO-4のテープドライブが故障してしまったので、LTO-5のテープドライブを購入する。同時にSAS 3Ggpsカードを6Gbpsに換える。サクサク動いています。しかし、ディスク容量の巨大化にテープの容量が付いていかない。やはり時代は、disk- to-diskバックアップなのか(rsynchとか使うのかな。今は、もっと良いmirroringのソフトが出来ているのかも)。それでも、生データ はテープに収めたい。

ES2210の導入。rebootしたら、repair filesystemに突入してしまった。ルートのファイルシステムがread onlyでマウントされてて一瞬怯むが、mount -o rw,remount /で起死回生。vi/etc/fstabで、間違えて読みこまれているパーティションをコメントしてreboot(新しいRAIDの導入で/dev /sd*が一つずれてしまったようです。)partedで大きいパーティションを切ろうとしたが、打ち込みが面倒くさそうだったので、gpartedをイ ンスコ。

PIC 683のタイマーって、内部クロックを利用すると、クロック周波数の4分の1の単位でカウントされるのね。

Linuxでイラストレーター(Adobe Illustrator)の.aiファイルを見る方法。邪道だけど、.ai.pdfにファイル名を変える。ダブルクリックするとDocument Viewerで普通に見れたりするwwwwwwww

ET104MS e-SATAモデルのラックマウント型RAID装置が納入 されました。e-SATA接続とはいえ、ケーブルはSAS規格のものだったりするので、インターフェースカード(ERICBoard ML4001-PCIe)Dell R710サーバーに差し込む。初期設定で工場出荷時のRAID-6RAID-5に設定変更して、サーバーをブートしたら、すんなりと動いた。早速 fdiskでパーティションを切ろうとするが、2Tバイトまでしかパーティションが切れない。検索してみるとpartedというgnuのアプリケーション で2Tバイト超のパーティションも切れるみたいだ。実際できた。mkpartfsext4に対応していなかったので、とりあえずmkpartext3 のパーティションを作り(これって、ext2ext3って指定する意味はあるのだろうか?)、その後partedを抜け出していつもの mkfs.ext4で、フォーマットする。ファイルシステムごと情報をコピーしているのだが、書き込みが190Mbyte/s以上なので、嬉しい。

The Journal of Neuroscience誌の投稿してから最初の返事がもらえるまでの統計をとってみた。平均43日、標準偏差は19日だった。因みに、European Journal of Neuroscience誌は43±16日。平瀬の経験のみ。Nは謎。昔より早くなったとはいえ一ヶ月以上待たせるのは酷だなぁ。こっちは査読は大抵5日 以内で終わらせてると言うのに。BBRCは最速の13日(N=1)。

Dell R710サーバーのRAIDのハードディスクが一つ故障。ハードディスクを入れ替えて事なきを得た。2011.5.30

Fedora13Lenovoのラップトップに入れて、Neuroscope, Klusters, Ndmanagerinstall した時のメモ(ubuntu情報も若干あり)。neuroscope install tips 2010.odt

Fedora12で、uuencodeがなく、yum install uuencodeで見付からないので、焦った。yum install sharutilsで解決。

Fedora 12yum updateで久々にシステム更新をしてリブートしたら、IPのバインドがおかしくなった。DNSの設定などは、ちゃんとできていて、pingは動くのだ が、ftpfirefoxはネームからIPにバインドできない。暫く悩んだが、何日か待って、/etc/hostsfedoraの更新ファイルのミ ラーサイトを書きこんで、再びyum で更新したら直った。一件落着。

/etc/hosts
はこんな感じで

152.46.7.222 download.fedoraproject.org
80.239.156.215 admin.fedoraproject.org
134.160.38.1 ftp.riken.jp
66.35.62.166 mirrors.fedoraproject.org
60.191.81.189 mirrors.163.com
203.178.143.11 download.sfc.wide.ad.jp
210.146.64.99 ftp.yz.yamagata-u.ac.jp

パワーポイントで映像ファイルの.movファイルが使えないので、.aviへ変換する。適当にmov2aviというアプリをダウンロードしたら、さくっとうごいたので、感動した。

BIOS社製のRAID装置を復活させるべくPCI-express 1x scisi host bus adaptorを導入。Adaptec 29320LPE。カードを入れたら、すんなり動いた。今まで躊躇っていたのが莫迦らしい。

Fedora 1112へアップグレードする。(x86_64)。スムーズに進行したかのように見えたが、立ち上げてみてyum updateしようと思ったら、libsslが無いと怒られる。早速ネット検索すると、新しいライブラリにシンボリックリンクを張ればよいという情報を入 手する。すなわち
sudo ln -s libssl.so.10 libssl.so.8
sudo ln -s libcrypto.so.10 libcrypto.so.8
/usr/lib内で行う。確認すると、そんなlibraryは無いと、リンク切れになる。仕方が無いので、findlibsslを探すと、/usr /lib64内にあった。あ、そうか、64bitOSなんだ。ということで、リンク切れになったものは削除して、/usr/lib64内で同様の呪文を唱 えたら、問題は解決した。yum updateすると1.2Gbyteくらいダウンロードして、Fedora 12の更新をし始めた。

デルのpowervault LTO4-HHの中身はIBMの2240であったりするので、RedhatSuse以外のlinuxでファームウェア(firmware)を更新する場 合は、デルのサイトからファームウェア更新関連のファイルを落としてきて、圧縮ファイルを展開した後にファームウェアのイメージ (例:ddh090715a_97F1.SAS.ro )を取り出す(/tmpにでも置いておく)。次にibmのサイトから2240用のITDT(IBM Tape Diagnostic Tool)を持ってきて、実行する。ITDT上で、テープデバイスを検知、指定して、ファームウェア更新を選び、ファイルを指定して、実行する。ITDT はOSに合ったもの(32bit64bit等)を選ぶ。ファイルの指定には間違いがないか、細心の注意を払う。後は自己責任で。

mysql.hostが存在しない場合、mysql_install_dbを起動して、ファイルを作る。

Cygwinからsshの時は、~/.ssh/configに、
Host * ServerAliveInterval 300
の一行を入れる。(300秒に一回、signalhostclient側から送る)

matlabメジャーモードのインストール(メモ)
CVS depository
からソースを取って来る。
cvs -d:pserver:anonymous@matlab-emacs.cvs.sourceforge.net:/cvsroot/matlab-emacs login
cvs -z3 -d:pserver:anonymous@matlab-emacs.cvs.sourceforge.net:/cvsroot/matlab-emacs co -P matlab-emacs
matlab-emacs
のディレクトリを適当なところに置く(例:/usr/share/emacs)
各々の.emacsに以下の設定を書き加える。
(add-to-list 'load-path "/usr/share/emacs/matlab-emacs")
(require 'matlab-load)

Dellpower edge r710では、fedora 11 (64 bit version)は、インストールの早い段階でハングしてしまい、失敗していたが、biosを現在のバージョン(1.2.6)へアップデートすると、イン ストールできるようになった。(32bit versionでは試していないが。。。尚、biosupdateには、win98のブータブルなusbメモリを作成し、起動時にF11(boot manager)を利用して、usbメモリから直接ブートした。最初は、freedosbootableCDを作り、そこから、USBメモリに入って いる.exebios更新プログラムを起動したが、カーネルパニックか何かを起こしてしまい、失敗。bios updateには、microsoftdosが必要だと思われる。

Fedora 10 (x86_64) 導入しました。sambaipv6で苦労しそうなので、ipv6の導入は見送りました。sambanfsの導入にファイヤウォール (iptables)SELinuxで引っかかるが、ネット検索であえなく解決。neuroscopeklustersをバイナリコピーで済ませよう と思ったら、32ビットバージョンなので、ライブラリがないとかで、怒られる。それでは、さくっとコンパイルしようと思ったら、./configureの ところで、QTがないと怒られる。QTQT-3.34も揃えているのに。調べてみると、64ビットライブラリーのディレクトリにリンクされていない。 とほほ。
./configure --enable-libsuffix=64
で、とりあえず、configureは解決。ちなみに、neuroscopeは、1.3.3klusters1.6.2です。いざ、makeでコンパ イルすると、またぐだぐだと怒られる。良く見てみると、abs関数がスコープに入っていないとのエラーメッセージが(error: 'abs' was not declared in this scope )。ネットで検索した結果、gcc4.3になった時に、stdlib.h string.hのヘッダファイルも明示的にincludeするのが義務になったとか。エラーでコンパイルが滞ったファイルのヘッダ宣言部分 に、#include と挿入することで、解決。改変を加えたファイルは以下の通り:
neuroscope-1.3.3
baseframe.cpp clustersprovider.cpp traceview.cpp tracewidget.cpp utilities.cpp
klusters-1.6.2
baseframe.cpp processwidget.cpp tracewidget.cpp utilities.cpp

Frontiers in Neuroanatomyという雑誌に投稿しました。現 段階では全く無名な新興雑誌(サイト)なのですが、オープンアクセスを売りにしており、さらに査読者の意見により論文の質を高めることを主義としているの が特徴です。論文が出版された場合、査読者も学術的に貢献しているので、差読者の正体も露わとなり、creditされます。逆に言えば、受理されるチャン スがある論文に対して査読者は無理や無礼なコメントはつけれないというわけです。これからどうなるか分からない雑誌ですが、とりあえずpubmedにはの るそうです。Frontiersの雑誌には、沢山種類(Frontiers in Neural CircuitsFrontiers in Neuroinformatics等々)があり、それらの総合総説誌として、Frontiers in Neuroscienceというものがあるようです。アクセス解析もあり、自分の論文がどれだけ読まれている(ダウンロードされている)か、 Abstractのページだけ開かれて本文はアクセスされていないかなどわかり、面白いです。パク値(インパクトファクター、Impact factor)とは関係のない雑誌となりそうな気配がします。

vista 64bit にコンピューターを新調したら、windows media playeraviファイルの一部が再生できなくなった(エラーは、c00d11b1 でした。)。調べてみたら、IV50という圧縮をサポートしていないらしい。IV50圧縮のライブラリ(DLL)はデフォルトで存在しているので、これを レジストリに組み込むことで解決しました。ついでに、IV32も組み込みました。具体的には、
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Drivers32
に、 vidc.iv32 を作成して、ir32_32.dll を指定(文字列)
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Drivers32
に、 vidc.iv50 を作成して、ir50_32.dll を指定(文字列)
おそらく、32bitvistaでも同様の処理をすれば解決が図れるかと思う。 (HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Drivers32に、同様のタグと値を作成する。)Windows XPではデフォルトでIndeoの圧縮モードはサポートされていたので、不思議です。困っている方も多いのでは。Windows 7では復活させてほしいもだ。

オリンパスの連続tiffファイルは、ImageMagickmulti-tiffに簡単に変換できる。convert -adjoin ほげほげ。です。

Fedora 10で画面の解像度がいきなり変に設定(低解像度)されたので焦ったが、 system-config-displayをインストールして、何回かctrl-alt-backspaceXを再起動させたら解決。

パイロットのFRIXIONは素晴らしい。30年近くかかって、漸く商品になってるんですね。

そういえば、ずっと前に書くつもりだったけど、 bzip2smp は便利。

2009になって、ホームページのイメチェンが。。。うーん、こっちも追随しなければ。しかし時間が…

4年前に冷凍保存(−20℃)したcytochrome oxidase-cを使用してラット大脳皮質体バレル野を染めたら、 綺麗に染まってしまった。というわけで、cytochrome oxidase-cは随分長く保存できることがわかった。

USB メモリー、flashメモリーで感染するウィルスの類:
シマンテック(symantec)Antivirus2008414日版では、検出は可能(bloodhound.packed.jmpとして) でしたが、完全な駆除は無理でした。NOD32では駆除できるそうです。私は、combofixflash disinfectorで 駆除しましたが、combofixは危険を伴うそうなのでお薦めはできません。よくマニュアルを読まない武者がいますが、 combofixは英語の練習も兼ねてマニュアルを読んだほうがよいでしょう。すべて自己責任で行ってください
このウィルスの症状は、隠しファイルやフォルダが見えなくなります。(見えない)フォルダオプションで、 見えるように設定しても、見えないです。これは、ウィルスが、regeditの設定値をいたずらしているので、 ウィルスを駆除した後は、自分でregeditを訂正してください:
以下の値を全て1に訂正する。
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\
   CurrentVersion\Explorer\Advanced\"Hidden"
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\
   CurrentVersion\Explorer\Advanced\"ShowSuperHidden"
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\
   CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder\Hidden\SHOWALL\"CheckedValue"

今更やけど、Blu Tack便利でっせ。平瀬ラボはここから買いました

データ保存には、RAIDが安全。最近ハードディスクがクラッシュしましたが、RAIDの お陰で、データを失うことなく復旧しました。

DIC要りまへん。Safronov et al. (2007), Journal of Neuroscience Methods 164(2):292-298.

銀線は、「純銀線」で検索すると安いのが見付かります。電気生理で使われるのは、 純度99.99%以上の、4Nと呼ばれるグレードです。

コクヨの リサーチラボノートを実験記録用のノート(lab book)として使っています。 やはりlab bookは方眼紙に限ります。値段は張りますが、後悔しないと思います。 他に国産で勝るものがあれば教えてください。